9号线二期工程全长14.5公里，共设10座车站，自西向东依次为：徐家汇站、肇嘉浜路站、嘉善路站、打浦桥站、马当路站、陆家浜路站、小南门站、商城路站、世纪大道站、杨高中路站，均为地下车站。
9号线二期共有6座车站可与其他线路换乘：世纪大道站\(2、4、6、9\)、陆家浜站\(8、9\)、马当路站\(9、13\)、嘉善路站\(9、12\)、肇嘉浜路站\(9、7\)、徐家汇站\(9、1、11\)。
上海轨交最长的车站将出现在9号线二期的杨高中路站。该站为车辆折返站，达到488米，比普通车站长了280米左右。据悉，该站今后还有18号线从底下穿越。
